เมื่อมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ก่อตั้งคณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์ขึ้นมาในปี พ.ศ. 2509 ภาควิชาปรัชญาและศาสนาเป็นหมวดหนึ่งในภาควิชาสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ในคณะที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่นี้ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2517 ได้มีการยกฐานะภาควิชาสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์เป็นคณะสังคมศาสตร์ หมวดวิชาปรัชญาและศาสนา จึงได้กลายเป็นภาควิชาปรัชญาและศาสนาสังกัดคณะสังคมศาสตร์และเมื่อมีการก่อตั้งคณะมนุษยศาสตร์ขึ้นมาเมื่อวันที่ 17 มิถุนายน พ.ศ. 2524 ภาควิชาปรัชญาและศาสนาจึงได้ย้ายมาสังกัดคณะมนุษยศาสตร์ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง ส่วนแบ่งราชการมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ปี พ.ศ. 2524